В 1096 году Фатимидский правитель Аль-Мустали завоевал Иерусалим, однако 15 июля 1099 года город вновь был захвачен крестоносцами. Они разрушали и сжигали город. Крестоносцами были убиты много мусульман, под их мечами погибали женщины, дети и старики. Масджид-и Акса подвергся разграблению, на купола установили кресты. Внутренность заставили идолами и превратили в церковь.

Султан Салахаддин Айюби в 1187 году (583 г.х.), освободил Иерусалим от крестоносцев. С Масджид-и Акса были убраны кресты и идолы. При нем мечеть приобрела прежний вид и был построен михраб. Салахаддин Айюби очень хорошо относился к населению Иерусалима.

После Салахаддина Айюби, среди аюбидских правителей начались политические разногласия. Христиане в этом увидели возможность. Из-за разногласий сирийских и египетских аюбидов, христиане приняли сторону сирийцев. В результате, в 1244 году, Иерусалим вновь перешел в руки христиан.

Египетский правитель аюбидов Салих Наджмеддин, призвал к помощи Хорезмийцев. Хорезмийцы пройдя через всю Сирию, взяли Иерусалим. Таким образом, Иерусалим перешел под правление аюбидов. После этого события, Иерусалим остался в руках мусульман. Но позже, Иерусалим претерпел нашествие моголов после чего остался в руинах. В Египте, место аюбидов заняли мамлюки и выдавили из Иерусалима моголов и спасли ее от оккупации.

Во времена мамлюков, Иерусалим находясь под правлением наиба Султана, превратился в научный и культурный центр. Мамлюкские султаны, уделяли большое внимание благоустройству Иерусалима. Султан Бейбарс произвел ремонт мечети Масджид-и Акса, а в северо западной части города построил дома для бедняков. Султан Насируддин Мухаммед, покрыл заднюю часть мечети мрамором. С двух сторон михраба, велел прорубить окна. С северной части мечети, стены которой после ремонта стали выше, были отремонтированы ворота Хлопкоробов и колонны. Купола в двух молельных комнатах покрыл позолотой.

Султан Ашраф Кайтбай, в высокой части мечети и за западной стеной построил питьевой фонтан. Расширил медресе рядом с воротами Цепи и отремонтировал  водные пути.

Позже, 29 ноября 1947 года ООН дал Иерусалиму международный статус. Это решение было хорошо воспринято евреями, но арабы были против.

Что в итоге…

14 мая 1948 года, истек срок британского мандата на управление и сразу же после этого было провозглашено государство Израиль. Израиль присоединило себе вместе с Иерусалимом  все части Старого Города принадлежащие  Иордании и Палестине. Спустя некоторое время некоторые министерства государства Израиль переселились в Иерусалим.